Tra i grandi dell’apparato burocratico c’erano anche gli appartenenti all’alto clero che avevano la delega del faraone a celebrare i riti. In Egitto, infatti, il primo sacerdote era il faraone. Da esso dipendeva la numerosa schiera dei sacerdoti, che celebravano i riti in onore delle varie divinità. All'interno del clero esisteva una rigida gerarchia e una precisa suddivisione dei compiti. In ogni santuario vi era un sacerdote-capo, detto "profeta", che officiava i riti come rappresentante del faraone. Il clero minore era costituito dagli uebu, i ‘‘puri", addetti alla manutenzione degli oggetti sacri e del tempio. Esisteva anche un personale femminile, le uebuit, dirette dalla regina. L'alto clero gestiva grandi patrimoni; i santuari riscuotevano infatti tributi dal popolo e possedevano terre. Già durante il Nuovo Regno i sacerdoti di Amon a Tebe esercitavano una forte influenza politica e a partire dalla XXI dinastia, intorno al 1000 a.C., essi costituirono, nell'Alto Egitto, un loro regno indipendente.
